Quan-Chi, tras escapar del NetherRealm, descubre la tumba del ejército del Rey Dragón. Viendo con potencial a aquellos antiguos servidores de Onaga momificados, decide capturar almas para resucitarlos a todos y a cada uno de ellos, por lo que se alía con Shang Tsung, maestro en consumirlas.

Ésta nueva alianza mortal se dedica, principalmente, a eliminar a las 2 mayores interferencias en sú plan: Shao Kahn y Liu Kang... Con las almas recolectadas, buscan resucitar al ejército del Rey Dragón para conquistar todos los reinos. Sin embargo, antes de ésta azaña, Raiden logra reunir a los mejores guerreros de EarthRealm para enfrentar ésta amenaza aún sin el campeón.

Básicamente, la alianza entre Quan-Chi y Shang Tsung, tiene como único propósito el resucitar al ejército del Rey Dragón para lograr ser numerosamente invencibles y así lograr conquistar todos los reinos que se propongan. Ya con el camino despejado, ésto se vuelve más accesible. Logrando poco a poco revivir a los soldados, hasta que nosotros nos interponemos en el proceso, con una batalla para defender los reinos de la conquista que están planificando los hechiceros... Con el liderazgo de Raiden, estamos siendo guiados para derrotar a éstos 2 aliados y lograr revocar sú plan. Habiendo renunciado a sú inmortalidad, el Dios del Trueno deja de serlo para ser partícipe y apoyar la causa a la par de nosotros. ¡Debemos PARAR ésta Alianza Mortal!